Biologia obliczeniowa

Prowadzący

Tomasz Badowski

Opis

Poniżej podaję możliwą listę tematów, muszę jeszcze przemyśleć które z nich będą najbardziej przystępne dla licealistów, jestem też otwarty na sugestie uczestników odnośnie ich zainteresowań (które można przesłać np. razem z zadaniami kwalifikacyjnymi lub niezależnie na mój adres.)
Wstęp biologiczny
Algorytmy uliniowienia 2 sekwencji.
Sieci bayesowskie, ukryte modele Markowa, algorytm Viterbiego
Algorytmy geometrii obliczeniowej w biologii strukturalnej.
Uliniowienie genomów. Transformata Burrowsa-Wheelera
Elementy filogenetyki.
Gramatyki bezkontekstowe, algorytm CYK, stochastyczne gramatyki bezkontekstowe i ich zastosowania w biologii obliczeniowej.
Wybrane formalne modele w biologii systemów (model checking, sieci Petriego, algebra procesów)..

Program zajęć

2* 3 h (długość uległa skróceniu ze względu na małą liczbę uczestników), przez co większą część będą stanowiły wykłady.
Przewiduję też część ćwiczeniową, na której będziemy zapoznawać się z wybranymi narzędziami bioinformatycznymi,
ponieważ na razie zapisało się 4 uczestników, to liczę że nawet jeśli ktoś nie będzie miał własnego komputera na czas zajęć uda mu się pożyczyć.
Zaproponuję zadanie indywidualne - od wyklikania czegoś w przeglądarce do bardziej "ambitnych" zadań np. polegających napisaniu skryptu wyszukującego informacji w bioinformatycznej bazie danych.

Wymagania

Znajomość podstaw programowania w dowolnym języku oraz wiedza co to złożoność algorytmu i znajomość notacji duże O (Jeśli ktoś kto nie ma pojęcia o programowaniu wystarczy że przeczyta http://wazniak.mimuw.edu.pl/index.php?title=Wst%C4%99p_do_programowania/Wst%C4%99p_do_algorytm%C3%B3w i http://wazniak.mimuw.edu.pl/index.php?title=WDP_Wprowadzenie_do_programowania). Przydatna choć niekonieczna jest znajomość programowania dynamicznego np. w zakresie początku tutorialu: http://www.topcoder.com/tc?module=Static&d1=tutorials&d2=dynProg.
Bardzo dużo na temat programowania dynamicznego można znaleźć w książce "Wprowadzenie do algorytmów" Cormena
. Zadania z programowania dynamicznego z rozwiązaniami można znaleźć tutaj:
http://wazniak.mimuw.edu.pl/index.php?title=Metody_programowania_/_%C4%86wiczenia_6. Będę też zakładał znajomość dyskretnego rachunku prawdopodobieństwa w zakresie zagadnień omówionych w zadaniach kwalifikacyjnych.

Zadania kwalifikacyjne

Ponieważ nie doszło do mnie na razie żadne rozwiązanie zadań kwalifikacyjnych obniżam próg kwalifikacji do 1 pkt-a.
Są to zadania i niezbędny wstęp teoretyczny w jednym.
Do pobrania tutaj, treść może ulegać drobnym zmianom w miarę napływających uwag.
Data ostatniej wersji: 16.6.2010. (w stosunku do wersji z 6.6.2010 doszła mała wskazówka)

Dodatkowe informacje

Jeśli ktoś chciałby ze mną współorganizować te warsztaty niech się skontaktuje.

O ile nie zaznaczono inaczej, treść tej strony objęta jest licencją Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 License